Istanziare software Java

Per interfacciarsi da Access ad un programma Java è da considerare se si ha la disponibilità del codice sorgente in linguaggio Java, in modo da adattarlo per avviare l'applicativo e acquisire dei dati quali argomenti forniti dalla linea di comando.
Da Access si può, pertanto, avviare il programma con "shell" e fornire quali parametri i comandi appropriati, inoltre si può realizzare un file batch che contenga le istruzioni per attivare l'applicativo e inserire gli argomenti.
Se viceversa l'applicativo Java è senza sorgenti, si può cercare di inviare da Access i relativi tasti con SendKeys in modo da pilotare i comandi del programma Java attraverso la sequenza appropriata.
In tal caso sono da determinare le problematiche di codifica fra i sistemi (Access - Java) e le relative temporizzazioni.

Ad integrazione dell'argomento indico i seguenti link quali ampliamenti della problematica.

Richiamo di Java con il comando Shell
http://stackoverflow.com/questions/5297341/calling-java-library-jar-from-vba-vbscript-visual-basic-classic
http://www.tek-tips.com/viewthread.cfm?qid=1474961

VB accesso a Java Late Binding
http://j-integra.intrinsyc.com/support/com/doc/javafromcom/vb2javalb.html

Passaggio parametri
http://www.vbaexpress.com/forum/archive/index.php/t-19183.html

Compilazione ed esecuzione di codice Java in Visual Basic
http://www.developerfusion.com/code/3864/compiling-and-executing-java-code-in-visual-basic/

Comandi SendKey
http://bytes.com/topic/access/answers/204419-sendkey-commands

Classe Robot in Java per acquisizione tasti
http://www.javaprogrammingforums.com/java-se-api-tutorials/59-how-sendkeys-application-java-using-robot-class.html

Processo inverso (richiamo da Java macro di Access).
http://www.tek-tips.com/viewthread.cfm?qid=853993

Ciao Goemon, 
riprendendo quanto da te presentato (sull'ambiente ove operi) possiamo riassumerlo in:
- impiego di un server virtuale della Citrix per la memorizzazione dati e applicativi;
- interfaccia di attivazione programmi tramite Internet Explorer.
Risulta quindi che, tramite IE, in automatico, i programmi Office vengono correttemente attivati mentre con codice Java si determina un errore. Viceversa se, quest'ultimo, viene manualmente attivato l'operazione avviene correttamente.
Ne consegue che l'inconveniente si inqudra nell'insieme dei tre elementi che entrano in gioco (Citrix, IE, Java).
Quindi dovendo trovare una soluzione alla problematica è da soffermarsi in particolare su Java e come questo si interfaccia negli ambienti di lancio (IE) o di gestione (Citrix).
Dal momendo che un applicativo Java opera con una Java Virtual Machine (JVM), viene creata un'istanza di una virtual machine in grado di interpretare il contenuto del codice ed eseguire, al suo interno, l'applicazione stessa. Ogni applicazione Java, in esecuzione, avvia una nuova istanza di una virtual machine, che viene rilasciata al termine dell'esecuzione stessa.
Visto che in modo manuale, il programma Java si attiva, sono da prendere in considerazione tutti quegli elementi in grado di fornire un ambiente (memoria, impostazioni, parametri, ecc.) in grado di differenziare l'attivazione fra modalità manuale e quella automatica.
Doposichè sono da esaminare tutti quegli aspetti che possono rendere la incompatibilità fra Java e IE con Citrix quali ad esempio:
https://forums.oracle.com/forums/thread.jspa?threadID=1239582
Si possono accedere ai forum e siti degli interessati cercando di presentare la problematica riscontrata e indicare se conosciuta e se vi sono soluzioni alternative.

Fatta questa premessa che potrebbe essere OT con l'argomento VBA, in risposta alla tua

Goemon wrote: se fosse possibile istanziare (la finestra di) un'applicazione senza conoscere il percorso del file che la contiene...  Sarebbe bello poter: - ciclare le finestre aperte su Windows e ricavarne il nome (Caption) - utilizzare il nome per assegnarle ad un oggetto - gestire l'oggetto tramite SendKey